Gli isomeri di uno stesso composto possono essere anche più di uno. Il diverso modo di disporsi degli atomi in una molecola è già evidente in quelle costituite solo da carbonio e idrogeno. E’ questo, ad esempio, il caso dell’esano C6H14 che può presentarsi, oltre che a catena chiusa, anche con quattro diverse catene ramificate aperte.
Anche la possibilità di dare strutture cicliche implica l’esistenza di molecole con uguale formula molecolare e diversa disposizione degli atomi nello spazio.
Le diverse combinazioni che gli atomi di carbonio e idrogeno possono produrre portano alla formazione di isomeri che differiscono principalmente per le proprietà fisiche, come la densità e il punto di ebollizione. Infatti, gli idrocarburi isomeri hanno proprietà chimiche molto simili, mentre differiscono in modo marcato per alcune proprietà fisiche. In particolare, le sostanze con molecole ramificate bollono a temperature più basse rispetto a quelle con molecole lineari. Ciò succede perché i legami intermolecolari possono stabilirsi in misura minore quando la superficie di contatto fra e molecole è ridotta: le molecole ramificate tendono a chiudersi, formando una sorta di sfera, un solido che racchiude in sé un determinato volume con la minima superficie.
Quanto più si allunga la catena degli atomi di carbonio, tanto più aumenta, in modo esponenziale, il numero dei possibili isomeri. Abbiamo:

– l’ottano C8H18, che può avere 18 isomeri;
– il decano C10H22, che può avere 75 isomeri;
– il pentadecano C15H32, che può avere oltre 4343 isomeri;
– l’idrocarburo C30H62 ha la possibilità teorica di esistere in più di quattro milioni di forme strutturali diverse.

In natura, non tutti gli isomeri esistono o riescono ad essere sintetizzati, ma si crea in ogni caso il problema della loro denominazione.
Il problema è stato affrontato è risolto con la denominazione IUPAC (Internazional  Union of Pure and Applied Chemistry), sin dal Congresso di Ginevra del 1892, quando si preoccupò di fissare un sistema per assegnare i nomi alla sterminata quantità di composti organici. La nomenclatura IUPAC è diffusa in tutto il mondo ma è bene sapere che per molti composti accanto ai nomi sistematici o razionali, ricavati col metodo IUPAC, sono presenti ancora oggi i nomi correnti o comuni, ricavati in base alla loro origine, al loro uso o ad una loro particolare proprietà. I chimici, infatti, indicano a volte lo stesso composto in due o più modi diversi. Molti composti organici hanno dei nomi tradizionali che affondano le radici nella storia della chimica e che non possono essere sistematizzati. Questi nomi possono essere imparati solo col tempo; tuttavia, come già detto, l’infinito numero di composti organici ha reso necessaria la definizione di una nomenclatura sistematica, secondo la quale abbiamo che:

– la catena ramificata di un idrocarburo si può considerare costituita da una catena lineare fondamentale e da uno o più diramazioni, costituite da frammenti di catene più corte che sono dette radicali alchilici, indicati generalmente con R. Un radicale si ottiene rimuovendo da una molecola di un idrocarburo un atomo di idrogeno (con il suo elettrone). I radicali degli alcani prendono il nome sostituendo il suffisso -ano con il suffisso -ile;
– per denominare i composti organici torna assai utile numerare gli atomi di carbonio in base alla loro posizione nella formula di struttura. Nelle molecole ramificate, in caso dubbio, si sceglie come catena lineare fondamentale quella più lunga. Nella nomenclatura IUPAC ciò che determina il nome della molecola è proprio questa catena, detta catena di base o catena principale.
– la numerazione deve partire dall’estremità della catena più lunga e più prossima alla posizione dei sostituenti. I sostituenti sono gruppi di atomi (radicali alchilici per esempio) che, idealmente, vanno a sostituire gli atomi di idrogeno dell’idrocarburo corrispondente alla catena più lunga. Pertanto, si attribuisce un numero progressivo a ogni atomo di carbonio, partendo dall’estremità più vicina alle ramificazioni, e ciò consente di assegnare alla posizione di ogni ramificazione il numero più piccolo possibile. Ad esempio, il pentano indica che vi sono cinque atomi di carbonio nella catena più lunga, che va numerata da destra a sinistra per assegnare al metile il numero più piccolo possibile;
– se i radicali alchilici che costituiscono le ramificazioni sono tutti uguali, si scrivono i loro nomi preceduti dai numeri che indicano la posizione dell’atomo di carbonio al quale sono attaccati e dal prefisso –di, –tri, –tetra, che indica il numero complessivo;
– se i radicali alchilici che costituiscono le ramificazioni sono di diverso tipo, si elencano in ordine alfabetico, sempre preceduti dal numero che ne indica la posizione;
– dopo aver indicato le diverse ramificazioni, si scrive il nome del composto al quale si riferisce la catena fondamentale.

La nomenclatura di tutti i composti organici si basa su quella degli alcani. Dopo aver individuato la catena principale, si utilizzano gli opportuni prefissi e la desinenza varia da famiglia a famiglia.
Un radicale alchilico corrisponde a ciò che resta di un alcano a catena lineare, dopo aver sottratto un atomo di idrogeno al carbonio terminale della catena.
I gruppi alchilici sono i sostituenti saturi legati alla catena base della molecola: contengono solo carbonio e idrogeno e presentano solo legami semplici tra gli atomi di carbonio. Oltre ai gruppi alchilici, si possono anche trovare come sostituenti atomi di alogeni che vengono indicati con il loro nome, ad eccezione dello iodio che viene contratto in iodo. Come già detto, ogni radicale alchilico viene denominato come l’alcano, ma con la desinenza in -ile:
– da —CH4 (metano) si ottiene il radicale metilico —CH3, detto anche gruppo metilico o semplicemente metile;
– da CH3—CH3 si ottiene il radicale etilico o etile —CH2—CH3;
– da CH3—CH2—CH3 (propano) si ottiene il radicale propilico o propile —CH2—CH2—CH3;
– da CH3—CH2—CH2—CH3 (butano) si ottiene il radicale butilico o butile —CH2—CH2—CH2—CH3.
Inoltre, dalla definizione risulta che ogni radicale alchilico è monovalente e può sostituire un atomo di idrogeno nella molecola di un alcano.
Ad esempio, se un idrogeno dell’atomo di carbonio secondario del propano viene sostituito con un gruppo —CH3, si ottiene l’isobutano che prende il nome di 2-metil-propano.